Le plus ancien acte concernant cette propriété est une cession, datant de 1723, par Jacob Chouet à Jean-Louis Chouet (1676-1756) décrivant le bâtiment comme « une propriété avec maison à deux étages sur des caves. grange, deux écuries, deux soliers, un grand pressoir, une grande cour close de murailles, situés au village de Chambésy au pays de Gex, jouxte le grand chemin tendant de Pregny à Chambésy au couchant ».

 

En 1761, la propriété est vendue à Jean-Frédéric de Crinsoz, seigneur de Colombier-sur-Morges, qui la revend, en 1771, à Barthélemy Jaquemet, aubergiste. Cependant, après de trop nombreuses hypothèques sur la propriété, Barthélemy Jaquemet doit se résigner à vendre, en 1788, à Henri-Louis Jaquet-Droz (1752-1791), mécanicien et horloger neuchâtelois. Henri-Louis Jaquet-Droz décide de rénover et d'agrandir la maison et de construire un corps de bâtiment supplémentaire. Cependant, en voulant commander et effectuer les travaux lui-même, il s'expose aux intempéries alors que sa santé est déjà fragile. À sa mort en 1791, la propriété revient à sa fille Cécile-Madeleine Jaquet-Droz (1788-1815). La propriété est alors habitée, à cette époque par Mme Bennelle, Louise-Suzanne Jaquet-Droz, née Bennelle (1760-1874) et Cécile-Madeleine Jaquet-Droz (1788-1815).

Louis Perrot (1785-1865), passionné de nature et de botanique, passe souvent son temps chez sa tante, Louise-Suzanne Jaquet-Droz, à la propriété de Pregny, où il rencontre notamment le naturaliste François Huber ou encore le botaniste Augustin-Pyramus de Candolle (habitant tous deux à Pregny). C'est à cette période qu'il rencontre sa cousine germaine Cécile-Madeleine Jaquet-Droz avec qui il se maria le 23 février 1809 et habitèrent au premier étage de la maison. À la mort de Cécile-Madeleine en 1815, Depuis son veuvage en 1815, Louis Perrot passe seulement les étés à la propriété de Pregny en compagnie de sa tante Louise-Suzanne Jaquet-Droz. En 1826, il épouse Rosalie de Pourtalès-Boyve avec qui il a quatre enfants et reste vivre dans la propriété de Pregny. Fier de ses origines neuchâteloises, Louis Perrot-de Pourtalès plante sur son coteau plusieurs plants de vignes.

En 1834, il vend à Georges Haldimand (1781-1851) la partie sud du domaine qui deviendra, en 1836, le domaine de la maison de maître «Les Ormeaux».

À la mort de Louis Perrot-de Pourtalès, en 1865, le domaine passe à son fils Adolphe Perrot (1833-1887),qui garde la maison comme résidence secondaire et la laisse comme habitation à Louise Suzanne Jaquet-Droz. Adolphe Perrot épouse, en 1863, Sophie Turrettini-de la Rive (1840-1899), avec qui il a un fils nommé François-Louis Perrot (1865-1949). En 1864, il édifie de nouvelles dépendances comprenant, des bâtiments de fermes et un logement pour l'une de ses sœurs. En 1874, à la mort de Louise Suzanne Jaquet-Droz, la maison reste vide puis est démolie en 1879.